Le fonctionnement du CES et l'organisation de ses travaux sont régis par le règlement intérieur du 1er juin 2005 (doc, 189 Ko).
L'organisation de ses organes se présente comme suit:
L'assemblée plénière
L'assemblée plénière se compose de tous les membres effectifs du CES. Les saisines sont soumises à l’Assemblée plénière qui décide de l’approche à retenir, des problèmes à analyser et de l'orientation générale à donner aux avis.

L’Assemblée plénière instaure alors un groupe de travail (encore appelé Commission) qui est en charge d'élaborer un projet d'avis. Les groupes de travail sont composés de membres effectifs et/ou suppléants ainsi que d’experts en cas de besoin.
Un groupe de travail spécifique est instauré pour chaque avis à élaborer. Le groupe de travail désigne un Président qui dirige les travaux et est assisté, le cas échéant, par un ou plusieurs rapporteurs. Ceux-ci sont secondés par le Secrétariat du CES dans l'élaboration d'un avant-projet d’avis suivant les discussions du groupe de travail.
Après finalisation des travaux, un projet d’avis est soumis à l’Assemblée plénière pour vote et l'avis adopté est transmis au Premier Ministre. Les avis du CES sont adoptés par l’Assemblée plénière à la majorité des deux tiers des votes exprimés.
Le Bureau
Le Bureau est l'organe exécutif du Conseil économique et social. Il se compose du Président, des deux Vice-présidents et du Secrétaire général du CES. Le Président et les Vice-présidents sont désignés par l'Assemblée plénière suivant le principe de rotation entre les 3 groupes et nommés par le Grand-Duc sur proposition du CES pour une durée de 2 ans.
Le Bureau élargi
En cas de besoin, le Bureau peut décider de s'élargir à d'autres membres du CES, du CESGR ou du CESE, en vue notamment de la coopération et de la concertation avec les délégations luxembourgeoises des institutions de la concertation socio-économique supranationale.
Le Secrétariat
Le Secrétariat est placé sous la direction du Secrétaire général, auquel incombe l'organisation de l'encadrement des organes du CES et des Groupes de travail. Le Secrétariat a en charge la gestion administrative et budgétaire.