Le Secrétariat a en charge la gestion administrative et budgétaire du CES. Il est placé sous la direction du Secrétaire général, auquel incombe l'organisation de l'encadrement des organes du CES et des Groupes de travail.
La composition du secrétariat est la suivante:
Secrétaire général
- M. Daniel BECKER
Conseiller
- M. Jeff REUTER
Conseillère
- Mme Martina MENEI
Secrétaire de direction
- Mme Sandy STUMM
Secrétaire
- M. Steve DELHALT